1987年寺院多处木构建筑都受到白蚁的严重蛀蚀。殿堂架构也接近腐朽边缘，岌岌可危。1989年结构工程师的报告显示，寺院建筑有危楼倾向。1990年双林寺邀请香港志莲净苑监院宏勳法师前来弘法，主讲「佛教丛林」课题。法师见双林寺丛林布局完整，大雄宝殿和天王殿之闽粤建筑艺术精妙，在中国以外罕见，惊喜赞叹，惟二殿年久失修，必须从速按原来风格重修，使具历史及艺术价值的重点文物得以传世，其他殿堂则配合风格规划重建，发扬中华佛教建筑精粹。法师应允全力支持，协助策划工作。
1991年5月24日双林获社团注册局批准为「社团组织」并以【莲山双林寺】(Lian Shan Shuang Lin Monastery)为官方注册名称。同时成立双林寺管理委员会，由住持谈禅和尚担任首届主席。双林复原委员会却由监院惟俨法师担任主席，宏勳法师为佛教艺术顾问并采纳了多位中国古建筑专家的意见。他们包括北京建设部属下综合勘察研究院薛雄坚先生负责勘察与绘制测量图；北京文物局文物研究所李竹君先生和宋森才先生提供修复方案；天津大学建筑系王其亨教授与杨昌鸣博士提供总体规划初步方案。复原委员会决议保留古建筑之精粹，修复大雄宝殿、天王殿、钟鼓楼、法堂等，并重建其它殿堂、山门回廊、半月池、牌楼、增建照壁、宝塔等，使丛林佛寺之建筑更加完备。 11月16日，新加坡建筑管制处发出公函，宣布寺院的某些殿堂为危楼，将之围隔，禁止公众参加，进而展开统筹工作。
