大雄宝殿在1904年兴建，落成于1907年，是双林寺的正殿，位于中轴线的第二进, 乃全寺最为雄伟的建筑。
殿内供奉三方佛，中间供奉释迦牟尼佛，是娑婆世界教主。佛陀出生帝王之家，姓乔达摩，名悉达多， 领悟人生病苦、 无常， 起悲悯心，29岁出家修道，35岁在菩提树下成佛，弘法45岁，80岁示寂。东边供奉东方琉璃世界教主—药师如来； 西边供奉西方极乐世界教主—阿弥陀佛。 立于释迦牟尼佛左右两侧的分别是佛陀十大弟子中头陀第一的大迦叶尊者和多闻第一的阿难陀尊者。
三方佛的上面有三个华丽的藻井，象征着佛陀的华盖。大殿外观采用歇山重檐屋顶，檐下的莲花吊筒和花篮吊筒，是百年的木雕精品。殿内多达26根柱子，有的高达10米。大殿展现福州和泉州两地建筑风格，当年两派匠师各现本领，融合无间，是我国最具移民特色的代表之一。
供奉在释迦牟尼佛像后，面向法堂供奉大悲观世音菩萨是光绪癸卯年(1903年)以缅甸玉雕刻而成。观世音菩萨与娑婆众生特别有缘，甘露遍洒，寻声救苦，现化不同身像，随缘说法，度化众生，救济苦难。
天王殿，是双林寺中轴线的第一进建筑，建于1905年。中央供奉弥勒菩萨，两侧供奉四大天王，弥勒菩萨像后，面向大雄宝殿供奉韦陀菩萨。天王殿正门前，有一对圆木柱，二柱上双龙舞爪，劲力十足，是木刻精品中的精品，来访者不可错过。殿内梁架采闽南建筑常见之“三通五爪”形式。
弥勒菩萨像后供奉韦陀菩萨。韦陀菩萨是佛教护法神，身穿甲胄，右手持金刚杵，神情威武。
殿堂两侧供奉四大天王。东方持国天王手持琵琶，用音乐感化众生。南方增长天王手持利剑，保护众生。西方广目天王，手缠一龙，为群龙领袖。北方多闻天王，手持宝伞，有大福德，护持众生财富。华人以天王手上所持之物，衍生出“风调雨顺”之意。
观音殿在寺的东侧。殿内青铜坐像，高11.2米，法相庄严的千手千眼观音菩萨，慈眉善目，日日倾听大众的无数诉求。殿内两侧供奉了三千尊亦以青铜铸制之自在观世音菩萨， 神情悠然自在。末法时期， 菩萨度众必切，洋洋三千，微为三千大千世界，菩萨顺应世间，与无量众生广结善缘。
